Dentro de la superficie del municipio se localizan cuatro tipos de vegetación, de los cuales dos de ellos son los que predominan; en primer término se encuentran los matorrales, determinados por grandes cactáceas de tallos carnosos cilíndricos o aplanados, como son: los cardones, la yuca, la biznaga, la choya, la pitahaya, el palo de Adán, el garambuIlo, la gobernadora y la jojoba.
La distribución de la fauna silvestre está relacionada con los diferentes tipos de vegetación que predomina, así como a la altitud u orografía que presenta. En las llanuras donde hay escasa vegetación se encuentran varias especies de aves, roedores, carnívoros y herbívoros, tales como la "chacuaca" o codorniz, la huilota, liebre, conejo, coyote y zorra, En las regiones desérticas, con una vegetación densa de arbustos y matorrales, generalmente, se localizan animales como la paloma torcaza, el mapache, el babisuri o cacomixtle, el gato montés, el coyote y la zorra.
Clima
El hecho de que el estado sea atravesado por una serranía, determina que en el municipio se presenten climas diferentes entre la costa del Golfo y la del Océano, clasificándose, principalmente, en tres tipos seco-semicálidos, muy secos-semicálidos, muy secos-cálidos y cálidos. La temperatura mínima en el municipio se registra en la zona Pacífico con l3.6° C., la máxima en la bahía de La Paz que ha alcanzado hasta 40° C, y la media de 22° C.
La mayor parte del año el municipio se encuentra dominado por vientos de una componente del oeste; sin embargo, durante el verano, julio, agosto y septiembre, estos vientos no se presentan, viéndose afectado, en esa estación, por los ciclones tropicales que se originan en el océano Pacífico y que traen consigo vientos fuertes que vienen por el municipio de Los Cabos; a pesar de tratarse de vientos destructivos, al mismo tiempo son benéficos por la cantidad de lluvias que aportan a la región, pues, de no existir, aumentaría la extensión de zonas áridas.
Orografia
Los sistemas orográficos más importantes se encuentran al norte de la sierra de la Giganta, que al llegar al municipio de La Paz pierde altitud, quedando reducida a sólo 250 metros sobre el nivel del mar. Al sur se localiza la sierra de la Laguna.
Hidrografia
Los recursos hidrológicos de la región son, básicamente, un arroyo de caudal permanente, conocido como San José, que sigue un curso de norte a sur y lleva agua en abundancia durante la época de lluvias ciclónicas, y los de caudal de lluvia que corren solamente durante la época, el de Santiago, Miraflores, Caduaño y Las Palmas.
Este municipio, al igual que el resto del estado, se caracteriza generalmente por la escasez de precipitación, con temporada de lluvias en los meses de julio, agosto, septiembre y, en mucho menos escala, en diciembre y enero. Debido a la falta de recursos, en el municipio funcionan dos plantas desaladoras a base de energía solar, ubicadas en La Paz y Pichilingue. Con el propósito de alcanzar un equilibrio entre la explotación y las recargas de los mantos acuíferos, así como preservar la disponibilidad de las aguas subterráneas y superficiales, se construyeron por parte de la federación y del gobierno del estado, dos grandes presas, "Santa Inés" al pie de la sierra de la Laguna y "Buena Mujer" en sierra de la Cacachia.
En la zona del Pacífico las corrientes superficiales son: Arroyo Santa Inés y el Carrizal; subterráneas: subcuenca San Bartolo y un manto acuífero con una descarga de 0.29 millones de metros cúbicos por año. La parte norte del municipio concentra los arroyos: El Salado, El Caracol, Guadalupe, Datilar y Los Inocentes. La zona de La Paz cuenta con los arroyos superficiales de San José y El Datilar.
