En cuanto a la flora, al sur del municipio se encuentra una selva mediana donde existen en riesgo de extinción las siguientes especies, el chico zapote, el palo de tinte, machiche, pucte, caoba, cedro, guayacan, chaca y ciricote.
Intercalada a la selva mediana existen las sabanas en las que se desarrollan el cocoyol, el guano, el zacate, el huiro y el ceibo.
En la zona costera del municipio, se desarrollan el manglar de la variedad rhizophora s.p.p. (mangle) y el tular (tule).
La fauna marina se distribuye a largo de sus 60 kms., de litoral del municipio, existiendo especies como el chacchi, jurel, pargo, mero, raya, cazón, caracol, etc., y las que se encuentran en peligro de extinción: el pámpano, el camarón blanco, la langosta, la tortuga caguama, la tortuga de carey, la cherna y el caracol azul. En la fauna las especies que se encuentran en vías de extinción son: El cocodrilo, el faisán, el jaguar, la guacamaya, el pavo de monte, el venado, las víboras, las palomas, el gavilán, el tlacuache, el armadillo, etc.
Clima
El clima principal es de tipo cálido subhúmedo con lluvias en verano, que se divide en:
Clima cálido subhúmedo, con lluvias en verano de menor humedad, a(w0), propio de las bajas latitudes, donde se manifiesta el máximo calor solar. Este clima es propio de la región oeste, este y norte del municipio. Las temperaturas son normalmente estables y elevadas, siendo los meses más calurosos mayo y junio, y los más frescos diciembre y enero.
La temperatura media anual es de 26.8 grados centígrados; el promedio más alto es de 29.6°C y el más bajo de 23.2°C. Las precipitaciones pluviales van en promedio de 1,003.0 a 1,099.9 mm. Se presentan lluvias intensas en agosto y septiembre.
Clima de humedad intermedia a(w1), propio del sur y sureste del municipio, observada por la estación de Tixmucuy. La temperatura media anual es de 25.5° C; la más alta es de 28.3° C y la más baja de 21.5°C, que se registran en junio y enero, respectivamente. Las precipitaciones pluviales son, en promedio de 1,138 mm. con lluvias intensas en agosto y septiembre.
Orografia
La superficie del municipio es plana en su mayor parte con ondulaciones no mayores de 150 metros sobre el nivel del mar. Lo atraviesa la sierra alta, que en su recorrido por la costa forma acantilados conocidos con el nombre de Maxtum y Boxol.
Dentro de las pendientes se localiza parte del valle de Edzna, considerado el más extenso del territorio estatal y apto para el cultivo agrícola.
Hidrografia
El municipio de Campeche carece de corrientes superficiales, pero en la parte norte y noreste se pueden observar grietas de las cuales se han formado corrientes subterráneas por las precipitaciones pluviales.
El nivel freático se encuentra a profundidades que van de 6 a 90 metros. Para aprovecharlas se cuenta con pozos que proporcionan agua para usos agropecuarios y para aliviar necesidades básicas de los diversos sectores de la población rural y urbana.
Tiene cuerpos de aguas pequeños en Edzna y Hampolol.
