
La vegetación de éste lugar está compuesta de selva baja caducifolia en la parte septentrional, su principal característica es que sus árboles tiran las hojas en épocas de secas; también tiene bosque de coníferas y encinos en la parte meridional y sur del municipio.
Fauna
La fauna está formada por especies como: Conejo, liebre, tusas, gato montés, onzas, tigrillo, puma, lobos, coyote, zorros, zorrillos, venado, tejón, oso hormiguero, tlacuache, víbora de cascabel, masacuate, alacrán, escorpión, tarántula, gavilán, águila, zopilote, tórtola, paloma, iguana, etc.
Clima
Los climas predominantes son el sub-húmedo-cálido, subhúmedo-semicalido y subhúmedo-templado, con temperaturas, que van de los 10°C a los 30°C. Las lluvias son intensas ya que duran de 6 a 7 meses en el año, arrojando una precipitación pluvial promedio anual de 1,700 milímetros.
Orografia
El relieve se presenta en tres tipos:
Zonas accidentadas, les corresponde el 70 por ciento del territorio municipal.
Zonas semiplanas, abarcan 20 por ciento de superficie.
Zonas planas tienen 10 por ciento del territorio total del municipio.
Las alturas presentadas varían de 1,000 a 3,000 metros; entre los cerros más sobresalientes se mencionan el Alcececa, Ahuatanahcia y Metlantepec.
Hidrografia
El principal río de Zapotitlán, lo forman los afluentes de las montaña de Telmilinga, Cuapala, Cerro Verde, Matha Xaxdá, que en tlapaneco se le denomina Barranca Mora, río San Marcos; todos estos en su conjunto forman el caudal del río Tlapaneco, en el trayecto se le unen otros, formando así el caudal del río Balsas.
Existen otros ríos como el Papagayo y el Acatepec, además de los arroyos Mezcalapa, Camolotillo, Xochitepec, Mixcatapa, Ocotillo, Cachotepec, Platanal, Apetzuca, Zontecamapa, Capulín, Tamaloya, Mixcahuymatanaquilla.