En cuanto a la fauna, se encuentran especies como la ardilla, conejo, tlacuache, venado, jabalí, lobo y algunas especies de peces como la carpa, bagre y trucha.
La riqueza natural con que cuenta el municipio está representada por 54,500 hectáreas de bosque donde predominan especies de nogal, pino, cedro, roble, encino y sabino.
Clima
El clima del municipio es semiseco, con invierno y primavera secos; y semicálido con invierno seco, sin estación primaveral definida. La temperatura media anual es de 24° C., y tiene una precipitación media anual de 623.4 milímetros con régimen de lluvias en los meses de junio, julio y agosto.
Los vientos dominantes son en dirección sur. El promedio de días con heladas al año es de 2.
Orografia
El Volcán y el Nevado de Colima representan las máximas cumbres del estado con 3960 msnm y 4240 msnm respectivamente, en inviernos muy húmedos suelen presentarse nevadas en éste último.
En Jalisco los dos principales sistemas montañosos son La Sierra Madre Occidental, que cubre las regiones Norte, Los Altos Norte y Sur, el norte de la Región Valles y la Región Centro, y el Eje Neovolcánico, que comprende el resto de las regiones. Las principales sierras que pertenecen a la Sierra Madre Occidental, son Sierra los Huicholes, Los Guajolotes y San Isidro, además de las sierras Colotlán y Los Pajaritos.
Se localiza también el Volcán de Tequila y el Cerro Gordo. En el Eje Neovolcánico se encuentran, la mayoría de las sierras del estado, las sierras Cacoma, Manantlán, Verde, Tapalpa, Lalo, El Tuito, Mazamitla, de Pihuamo, el Madroño, Quila y la Primavera.
Se localizan los cerros El Tigre, García, Huehuetón y la Tetilla.
Las llanuras se encuentran el las regiones Costa Norte y Sur y la Ciénega, en este último principalmente junto al Lago de Chapala.
Los valles se localizan principalmente en las regiones centrales del estado principalmente los valles de Ameca, Tuxpan, Atemajac, y Autlán. En el Eje Neovolcánico hay grandes valles que forman sistemas de fosas que van desde Nayarit hasta el Lago de Chapala.
Las mesetas se localizan las Regiones de los Altos Norte y Sur.
La mayor parte del suelo tiene un uso agrícola y la tenencia de la tierra es privada.
Hidrografia
Los recursos hidrológicos son proporcionados por el río Bolaños; y por los arroyos de Carboneras, Grande, Charco Azul, Los Sabinos, Las Mesteñas, Salto de Callejones, Tepiscoac, Rancho Bautista y Troncón Prieto.
