La vegetación que predomina es la llamada acuática ropería o de ribera, constituida por árboles, hierbas y arbustos, localizados en zonas templadas como el resto del río Lerma. Existen algunas variedades de árboles como pino (Pinus Montezumae), sauce llorón (Salix babilónica), cedro (Cupressus lindly), trueno, fresno. De los árboles frutales que se cultivan en casas particularmente y otros que crecen en forma silvestre se pueden mencionar al tejocote, chabacano, capulín, manzana, durazno, ciruelo, higo, mora, membrillo y nogal.
Actualmente la fauna pasa por un proceso de extinción. Por esta razón, los animales que raras ocasiones pueden observarse son: ardilla, hurón, cacomixtle, tuza, camaleón, nuco, acocil, víbora, tlacuache, zorrillo, topo, liebre, tórtola, zopilote, buho, murciélago, tusa, ratón de campo, lagartija y otras.
Clima
La localización de Metepec dentro del Valle de Toluca, por su altitud, sus características orográficas e hidrográficas, dan por consecuencia la formación de un clima templado en primavera; templado húmedo con lluvias en verano; semifrío con ligeras lluvias en otoño y frío en invierno. La temperatura media fluctúa entre los 14º centígrados, la máxima entre los 28º C y la mínima entre los 3.5º C. La temporada de heladas de invierno en ocasiones se prolonga hasta los meses de marzo y abril.
Orografia
La orografía o paisaje natural del Estado de México está dominada por montañas y valles. Las montañas (de color café en el mapa) se localizan desde la Cuenca del Balsas, a menos de 500 msnm, hasta más de 5,000 msnm en dos de los cinco volcanes más altos del país: el Popocatépetl y el Iztaccíhuatl. En el altiplano se encuentran amplios valles (colores mostaza y amarillo en el mapa), que son de gran productividad agrícola.
Hidrografia
En cuanto a hidrología no existen corrientes superficiales de importancia, pues las que hay son arroyos que son utilizados como drenes naturales. Sin embargo, existen corrientes subterráneas con importantes veneros, mantos acuíferos y freáticos que se utilizan para la extracción de agua y su posterior potabilización y distribución.
La red de infraestructura hidráulica es de 48 pozos, que representan la totalidad de las fuentes de abastecimiento; 28 de éstos son operados por un organismo descentralizado, y el resto por comités vecinales no municipalizados.