En la región de El Salado: Palma china, maguey, lechuguilla, nopal, órgano garambullo; al norte y centro: Candelilla, guayule, nopal, ixtle, lechuguilla, mezquite; en La Huasteca: Helecho, liquenes, palo de rosa y frutales como chico zapote, papaya, mamey y plátano. En las sierras templadas: Bosques de pino y encino.
Fauna:En la región de El Salado, el norte y centro: Tortuga, vibora de cascabel, halcón, águila, calandria, liebre, gato montés, tlacuache, tejón y zorrillo; en La Huasteca: Jabalí, armadillo, venado, tigrillo y zorra.
Clima
En la región huasteca encontramos clima tropical con lluvias en el verano y temperatura media anual entre 22 y 24ºC. En la zona alta de la Sierra Madre Oriental el clima es templado, su temperatura varía de OºC en el mes más frío a 18ºC en el más caliente y las lluvias son abundantes todos los meses del año. El altiplano es señalado como una región árida y semiárida; las lluvias son escasas y se producen en verano. La temperatura media anual fluctúa entre 18 y 20ºC.
Orografia
Estribaciones montañosas que se localizan al noreste del municipio: Cerro de la Laguna, Puerto Limpio, Los Llanitos, El Conchi y Los Hornos, los cuales tienen una altura de alrededor de 2200 metros.
Hidrografia
El escaso relieve y la alta permeabilidad de las rocas calcáreas que forman la península impiden la existencia de corrientes de agua superficiales. El Río Hondo es el único río de la entidad, el cual forma la frontera natural con Belice.
Dos cuencas hidrográficas bien definidas; hacia el Pánuco desaguan los ríos del sur y este de la entidad, como el Santa Maria, Verde, Frío, Valles, Coy, Tampaon y Moctezuma; algunos corren entre montañas y cañones, forman cascadas como la de El Salto de 90 metros de altura; en la cuenca interior, hacia El Salado, no se forman ríos importantes porque la evaporación es mayor que la precipitación; la conformación del terreno determina depósitos de aguas subterráneas que afloran en manantiales.
